skip to main |
skip to sidebar
這次要推薦的其實沒啥特別之處, 純粹就是犯了"外貌協會"的毛病.
小烏龜, 談不上什麼實驗室了不起的東西, 雖說沒什麼, 卻是實驗室的基本配備, 只要有做實驗, 一定會用到.只是, 對於它的這個稱號我是有些小小的意見, 沒事幹嘛叫個做實驗的人最怕的動物呢? (就是槓龜囉!) 上次我不過心血來潮, 畫了一隻自己覺得還不賴的烏龜圖, 貼在筆筒上, 隔壁的同事就說別朝向她, 就是怕實驗失敗 ...... 雖說是做科學的, 但是當實驗一直槓龜連連時, 還是想求神問卜, 到底是哪裡出了問題. 究竟是該換試劑呢? 還是挑的日子不好, 適逢月破大凶日呢? 不然,還是操作的人不對, 就是犯沖呢? 曾經有同事在一連串不順的 PCR問題時就說: 好啦! 一定是我的問題, 把我的手剁掉好了. 雖然只是個助理, 但是, 值錢的就是咱們這雙手啊! 親愛的各位, 一定要愛惜自己的手喔! 
哎呀! 離題了. 言歸正傳,今天要推薦的這個小烏龜,推薦理由只有一個,就是外型好看.
圖片引用自: 這裡推薦的是右邊的白色, 對於女性同胞來說, 有沒有覺得感同身受的喜愛呢? 當初, 老闆 (男性)在選的時候, 就是不想要一般的藍或黑, 覺得跟實驗室的色調不搭, 所以特地選了這款清新的顏色, 也幸虧老闆的慧眼, 讓我們有一台與眾不同的小烏龜.
不過, 它真的就是外型突出而已, 畢竟, 小烏龜只是讓管内東西小小地離至管底而已, 沒有太特別的功用. 不僅如此, 上天是公平的, 就像漂亮的人往往內心有缺陷一樣, 實驗室當時一口氣買了三四台,兩三年間已經有兩台送修過了~~~ 要嘛是完全不會轉, 要嘛是零件斷裂, 以前待過的實驗室, 從來沒有小烏龜壞掉的紀錄. 只能說, 東西通常是有一好沒有兩好......
在萃取 DNA/RNA 時, 如何將 organic materials 去除呢? 最常用的, 便是 phenol/chloroform. 但是, 它是揮發性的溶劑, 又有著聞了總覺得會中毒的味道, 最重要的是, 吸取下層的水層時簡直是全身汗毛都站了起來.
記得以前大學在實驗室時, 第一次看學長進行這個步驟時, 全神貫注, 右手緊繃地拿著 pipette, 左手小心翼翼不敢稍有鬆懈地拿著 1.5 ml centrifuge tube, 仔細又動作輕微地吸取著下層, 只見下層一點一滴地減少, 在接近兩層的交界處時, 考驗功力的地方來了, 盡可能取到最大量又不會吸到有機層為最高指導原則, 說的簡單, 在貪與不貪間很難拿捏的恰到好處. 對於這個令人又愛又怕的步驟, 每個人有著各式各樣的傳家姿勢; 有的將 1.5 ml centrifuge tube 對著 燈光舉高高, 頭呈現 45度仰角, 利用光線讓眼睛看準該收手的時刻; 有的則是低著頭, 上半身呈現緊縮的狀態, 讓視線牢牢盯住下降的液面 ...... 而且由於緊張將硬不自然的用力, 又手常常會有著輕微的抖動. 對常進行核酸萃取的單位來說, 真是個傷眼, 傷神又傷身的實驗; 不小心沾吸到 chloroform, 還外加傷心 ......
後來有機會接觸到 "Phase Lock Gel (PLG)", 心中響起一陣歡呼, 這真是太好用了 ...... (淚)
圖片來源請參照這裡它的構造就像迷彩頭採血管 (SST), 在管中有著如蠟一般的白色物體, 經過離心後, 這個白塊會夾在含核酸的水層與有機層之間, 吸取水層時就不怕有機溶劑的偷渡囉! (見下圖所示)
圖片來源請參照這裡
將核酸萃取純化的步驟在輕鬆愉快的心情下就能完成.
這項美妙的商品原本是 Eppendorf 的產品, 大概從去年開始, 變成 Fisher Scientific在賣. 根據不同的檢體量, Phase Lock Gel 有不同體積的選擇, DNA (Light) 或 RNA (Heavy) 也有自己專用的:
圖片來源請參照這裡
在選擇體積時要注意, 因為在加入後 mix時管內需要空間. 曾經有一次我們忘了這個原則而買錯, 原本檢體就有 1 ml, 加入 chloroform 200 ul後, Phase Lock Gel 1.5 ml 管內空間不足, 每支檢體只得分成兩管做, 無形中增加實驗的麻煩. 另外還有一點要注意的是, 檢體量不要超過太多, 不然分離效果會變差, 就是離心後蠟塊形狀會有些許不完整, 有機層就容易有一些跑到上層來, 如果之後會再以 column純化的話, 就不需要太擔心.
後來 Qiagen也有出相同的商品, 叫 MaXtract Low and High Density, 我並沒有用過, 不過我想應該效果是差不多的, 再加上對於 Qiagen 家的商品品質一向都覺得很滿意 (是品質不是價錢喔~~~笑), 我相信是沒有問題的.
本部落格的第一篇文章, 就獻給近一兩年來在實驗室令我愛不釋手的好物~~ NanoDrop ND-1000.
圖片來源: 請參見
記得以前唸研究所時, 抽完 DNA後就是緊張的測濃度時間, 檢體往往是珍貴的, 特別是臨床來源的檢體, 如果沒抽好, 又不可能把病人再請回來再採檢一次, 因此, 往往是一次定生死 ...... 除了擔心品質不好外, 產量也是一大重點.
過去, 分光光度計常是實驗室的怪獸, 就是需要不算小的空間, 後來在體型上有漸漸朝著美而小的方向設計, 但是所需要的檢體量至少也需要 50 - 100 ul. 當檢體量不多時, 對於測濃度時所耗費的就會斤斤計較, 希望越少越好. 如果遇到機器不穩定或是濃度太稀測不準時, 我們只好欲哭無淚地重新稀釋 ...... 另外, 每個樣品間清洗 cuvette 所花的時間讓測濃度變成費時的一大步驟, 通常需要至少 2 - 3次水的清洗, 再加上一次酒精讓水快速蒸散, 最後再以吹氣設備將 cuvette 吹乾. 光這個清潔的步驟就要花上 3 -5 分鐘, 洗完了還是擔心 cuvette 沒清乾淨造成 sample carry-over, 又怕 cuvette 內有水分或酒精殘留.若是實驗室沒有吹吹的設備, 只得以甩乾的方式來代替, 可是, 石英 cuvette 往往所費不貲, 在甩乾的同時如果不小心失手 ...... 在石英破裂的同時, 學生跟助理還有老師大概也跟著心碎了吧 ...... (在下我就是有扼殺 cuvette的經驗, 所以了解那時心碎的感覺 ...... Orz )
NanoDrop ND-1000 的出現, 解決了許多上述的問題, 它有著下列幾項特點:
1. 體積小, 底部約佔 2/3 A4 面積 (需由電腦控制, 以 USB相連接 )
2. 測量體積小, 只需 1-2 ul
3. 線性範圍廣, 測量濃度區間為 2 - 3700 un/ul
4. Cuvette-free
5. 全波長掃描 220 - 750 nm
6. 測量時間約為 10秒/每個樣品
圖片來源: 請參見
將樣品置入樣品台後, 利用毛細現象拉成水柱測量濃度, 之後再花約 10 - 20 秒的時間以 Kimwipes 擦拭即可. 快速簡便.
也由於可接受濃度範圍廣, 通常稀釋 3 - 5 倍即可, 又因為所需體積很小量, 稀釋一次便可重複測 2 - 3次, 可解決機器不穩定時重測又需重新稀釋的困擾.
說了這麼多的優點, 到底測出來的濃度準不準呢? 就我的經驗來說, 測定 DNA/RNA 的 A260是準的, 曾經我們有同時比較 ND-1000 跟另一台 Ultrospec 2100 pro, 結果測出的濃度差不多, 但是在比較極端的濃度時, 兩台的 A280就有差異了, ND-1000 的 A260/280 比較歡樂 (就是純度看起來會比較好啦!), 至於誰的答案才是正確的, 這個我就不確定了 ......
那 ... 到底 ND-1000 有沒有缺點呢? 目前為止我認為的缺點只有兩個, 第一, 便是測過的檢體無法回收; 第二, 稀釋倍數無法輸給軟體, 就是測得的濃度需要自己再將稀釋倍數乘回來, 不過, 可以把資料匯入 excel 做計算, 其實也花不了多少時間.
後來, ND-1000 又有其他的兄弟姊妹, ND-3300 跟 ND-8000. 據說 ND-3300是利用螢光可以偵測濃度更低的檢體, 而 ND-8000則是可以同時測定 8個樣品. 我想, 除非實驗室家大業大, 不然應該不需要玩到這麼 "high through-put"吧! 如果真的做到這樣, 對助理或學生來說, 應該不是什麼好事吧 ......
如果想對 ND-1000 有更多的了解, 可以參考原廠網站, 還有 Demo Vedio 喔~~~
